雲林縣醫師公會前身沿於台南縣醫師公會。民國三十九年十月政府行政區域劃分產生雲林縣。其時鑒於雲林縣醫界又乏領導中心,乃由葉仲琨、駱萬得、林麗明等諸先進發起,鼎力籌備組織,即將原飭於台南縣屬為本縣會員組成本會。迄民國三十九年十一月十七日雲林縣醫師公會成立大會假雲林縣政府禮堂隆重舉行,訂定組織章程及選舉首屆理監事會。首屆理事長公推葉仲琨先生出任,負起領導雲林縣醫界,會址設於斗六鎮大同路葉內科醫院內辦公。
自首屆至第九屆整整廿六年之間竟無固定會址,每屆均寄籬於各屆理事長宅辦公並隨之遷移。對於會務之推動與聯繫上深感不便。遂於第九屆購置現址會館,民國六十五年三月落成啟用,從此本會即擁有自己會館為本會發展史添上新里程碑。
本會第二十一屆第一次會員代表大會通過向法院申請社團法人登記案,遂於98年7月2日完成臺灣雲林地方法院設立登記,並於同年7月10日經主管機關准予正式更名為「社團法人雲林縣醫師公會」。